Pouco após o Pleno do STJD decidir pela manutenção a punição à Portuguesa e, consequentemente, rebaixar o clube à Série B, foi a vez de o Flamengo ser julgado pela escalação irregular de André Santos, na última rodada do Campeonato Brasileiro, em duelo contra o Cruzeiro. E o tribunal seguiu a mesma linha imposta com o time rubro-verde paulista e não quis saber de "livrar" o clube carioca, tirando quatro pontos da agremiação da Gávea por unanimidade: 8 a 0.
André Santos foi expulso na decisão da Copa do Brasil, contra o Atlético-PR, no dia 27 de novembro, em confronto no Estádio do Maracanã. Como o regulamento prevê o cumprimento da suspensão em torneios realizados pela Confederação Brasileira de Futebol (CBF), o lateral esquerdo não entrou em campo no jogo contra o Vitória, imediatamente após a final.
O julgamento, contudo, foi apenas na sexta-feira seguinte, e o condenou a cumprir um jogo de suspensão. Como utilizou o jogador contra o Cruzeiro, o Flamengo foi denunciado no artigo 214 do Código Brasileiro de Justiça Desportiva (CBJD), o mesmo que puniu a Portuguesa.
Com a punição, o Flamengo foi aos 45 pontos e despencou para a 16ª colocação, uma a mais que a Portuguesa, igualmente punida na audiência desta sexta. A perda de quatro pontos por parte dos dois times beneficiou o Fluminense, que se livrou do rebaixamento obtido dentro de campo ao longo das 38 rodadas do Campeonato Brasileiro.
No julgamento flamenguista, o advogado Michel Assef Filho foi o primeiro a falar. O profissional defendeu a aplicação da regra da forma que está escrita e apontou que todas as precauções possíveis foram adotadas pelo clube rubro-negro. Além disso, Assef pediu para o caso da Portuguesa ser esquecido na hora do julgamento. Em seguida, o advogado do Fluminense, Mário Bittencourt, foi o próximo a falar, e reforçou a tese rubro-negra.
Os relatores, entretanto, resolveram manter a decisão inicial do STJD, rejeitar o recurso rubro-negro e tirar quatro pontos do clube - a votação terminou 8 a 0. O resultado, entretanto, não rebaixa o Flamengo à Série B graças ao julgamento da Portuguesa, que promete recorrer em todas as instâncias para adquirir o direito de disputar a primeira divisão.