A segunda candidata, a centro-esquerdista Elisa Carrió, da Coalizão Cívica, obteve 23,13% dos votos. A diferença entre Cristina e Carrió é de 20,55%. Com este resultado, Cristina está eleita pois detém mais de 40% dos votos, com 10 pontos percentuais de diferença em relação ao segundo mais votado. Seguiu na disputa o ex-ministro da Economia Roberto Lavagna, da frente Uma Nação Avançada (UNA), com 17,55% dos votos). Em quarto lugar está Roberto Rodríguez de Saá (8,25%). Os demais candidatos não contabilizaram mais de 2% da preferência dos eleitores.
O início da eleição foi marcado por atrasos e suspeitas de fraude, obrigando as autoridades a prorrogarem o encerramento das urnas. A abertura das 73.711 mesas eleitorais ocorreu às 8h locais (9h de Brasília). O começo da votação foi marcado por atrasos e suspeitas de fraude depois que os candidatos oposicionistas Alberto Rodríguez Saá e Ricardo López Murphy levantaram possíveis irregularidades na votação que poderiam favorecer Cristina Fernández de Kirchner.
Os oposicionistas também denunciaram a suposta falta de listas de candidatos em várias mesas eleitorais da capital e da Província de Córdoba, o que poderia induzir o voto dos eleitores. Oitenta observadores internacionais de vários países participaram das eleições na Argentina para fiscalizar a contagem dos votos. O governo negou a possibilidade de que houvesse fraude.
O horário de fechamento das urnas e início da apuração foi prorrogado em 1h (para 19h local, 20h em Brasília) pelas autoridades da Argentina, devido à ausência de mesários nos locais de votação. A Justiça Eleitoral recorreu a funcionários e voluntários. Mesmo assim, não conseguiu preencher todos os cargos, ocasionando filas nas zonas eleitorais.
Os candidatos acompanharamm em seus quartéis-generais a apuração dos votos. Às 5h (horário de Brasília), matematicamente, Cristina foi declarada vencedora das eleições. Néstor Kirchner e sua esposa Cristina votaram em Río Gallegos, a 2.700 km de Buenos Aires, na província sulista de Santa Cruz, sua base eleitoral.