Isolado no cárcere, Paulo Vieira escreveu um diário, segundo informações do jornal O Estado de São Paulo. As anotações descrevem minuciosamente situações e relacionamentos com personagens como Rosemary Noronha, ex-chefe de gabinete da Presidência em São Paulo, e José Weber Holanda, ex-advogado-geral adjunto da União. 

Elas revelam um homem angustiado, que quer ir à Justiça apresentar seus argumentos e rebater ponto a ponto a Operação Porto Seguro, da Polícia Federal, que lhe confere papel decisivo na suposta trama para compra de pareceres técnicos de órgãos públicos. 

De acordo com a publicação, no quarto dia de reclusão, 26 de novembro, ele recorre aos céus. "Preso. Meu Deus! Piedade Senhor!" Insurge-se contra uma das imputações penais que recaem sobre ele, por corrupção ativa, artigo 333 do Código Penal. "Trancamento do inquérito. Onde está a participação do 333?".

Registros e reflexões do prisioneiro seguem linha defensiva, não hostilizam ninguém. Confirmam relações próximas com o ex-senador Gilberto Miranda (PMDB-AM) e com Rose Noronha, ambos alvos da Porto Seguro. Com ela, ressalta, tem "muitos negócios”. Cita Weber Holanda como “amigo” e fala da ministra Izabella Teixeira (Meio Ambiente) ao abordar liberação de um empreendimento portuário de Gilberto Miranda. "Quem provocou o tema foi a ministra do Meio Ambiente". 

Revela conhecer Cyonil Borges, que o delatou, desde 2002 e declara amizade a Evangelina Pinho, ex-superintendente da Secretaria de Patrimônio da União, denunciada por favorecer o grupo. O roteiro de defesa nega captação de recursos públicos. Ele afirma que jamais enriqueceu nos cargos que ocupou na administração. 

Descreve seus bens e o período em que foram adquiridos. Incomoda-o as instalações na prisão. "Condição da sala é péssima. Verificar possibilidade de prisão domiciliar".