O diretor-geral da Agência Nacional de Transportes Aquaviários (Antaq), Pedro Brito, discutiu processos de interesse da quadrilha desmontada pela Operação Porto Seguro com o ex-senador Gilberto Miranda, denunciado por corrupção ativa por participar da compra de pareceres de órgãos públicos. 

Em um telefonema interceptado pela Polícia Federal em 16 de novembro, o ex-senador e o diretor-geral da Antaq se referem a um empreendimento portuário como "nosso" e conversam sobre os efeitos do novo marco regulatório do setor, que só seria editado pela presidente Dilma Rousseff três semanas depois. O diálogo revela a proximidade entre Brito e Miranda. Ambos se despedem marcando um café da manhã.  As informações são do jornal O Estado de S. Paulo.

Em dezembro, o ex-diretor da Agência Nacional de Águas (ANA) Paulo Vieira, apontado pela Polícia Federal como o chefe da quadrilha dos pareceres, disse que Brito beneficiou projetos de Miranda e que comemorou seu aniversário em 2011 em uma casa do ex-senador em São Paulo. Em nota, o diretor da Antaq diz que não tem "nenhuma relação especial" com Miranda.  

No telefonema de cinco minutos, o ex-senador diz ao chefe da Antaq que estava preocupado com mudanças que seriam provocadas pelo decreto 7.861, que integrou a atuação dos órgãos públicos do setor para reduzir a burocracia. Miranda temia que a Secretaria Especial de Portos (SEP) assumisse a responsabilidade de aprovar os empreendimentos do setor. Acreditava que a alteração reduziria o poder da Antaq, onde estavam alojados servidores ligados à quadrilha. 

O diretor-geral da Antaq diz a Gilberto Miranda que a medida provisória mudaria apenas a relação formal entre a agência e a secretaria, e que "na prática não muda nada".